История Московского театра марионеток уходит корнями в 80-е годы XX века. Сначала Театр существовал как независимый проект — творческое объединение кукольников-марионеточников города Москвы, которые пытались возродить искусство работы с марионетками. Куклы, ручной работы, которые были изготовлены забытыми художниками в начале XX века стали основой для формирования первого театрального репертуара. Высокое мастерство работы артистов, режиссеров и художников помогло театральному коллективу быстры найти своего зрителя в большом развивающемся городе. В то время Театр марионеток, один из первых в Москве, начал создавать профессиональные театральные постановки для маленьких зрителей от двух лет.
Театр марионеток ведет большую культурно-просветительскую работу среди социально необеспеченных слоев населения, выезжает с благотворительными спектаклями в детские дома и школы-интернаты Москвы и Московской области. Коллектив Театра марионеток является постоянным и активным участником праздничных мероприятий столицы, приуроченных к различным городским праздникам и государственным датам.
На протяжении многих лет театр сотрудничает с обществами инвалидов «Пилигрим», «Дина-ода», благотворительными фондами «Благовест», «Солидарность», Центр «Семья», медицинским центром им. Святослава Федорова, хосписами, приютами, детскими домами Москвы.
1 июня 2009 года в Московском детском театре марионеток Межрегиональная общественная организация инвалидов «Пилигрим» провела благотворительную акцию «Сердце отдаем детям!», посвященную Международному дню защиты детей. С приветственным словом к участникам акции выступили приглашенные официальные лица: Светлана Владимировна Медведева, Людмила Ивановна Швецова.
